fastGEN Crohn’s & Celiac Disease Kit: cielená NGS analýza markerov genetickej predispozície

Dve skupiny markerov v jedinom NGS teste

Crohnova choroba a celiakia sú odlišné chronické ochorenia gastrointestinálneho traktu s čiastočne sa prekrývajúcimi prejavmi. Na rozvoji oboch sa podieľajú ako genetické faktory tak aj vplyvy prostredia, genetická predispozícia je však pri každom z nich spojená s inými markermi.

fastGEN Crohn’s & Celiac Disease Kit umožňuje genotypizovať desať vybraných oblastí:

• Päť markerov asociovaných s celiakiou: oblasti asociované s haplotypmi HLA-DQ2.2, HLA-DQ2.5 a HLA-DQ8.
• Päť variantov asociovaných s Crohnovou chorobou: vybrané varianty v génoch IL23R a NOD2.

Analyzované markery predstavujú iba časť genetického pozadia oboch multifaktoriálnych ochorení. Výsledky poskytujú informácie o genetickej predispozícii; samy osebe nie sú určené na potvrdenie diagnózy.

Amplifikácia a indexovanie v jedinej PCR

Východiskovým materiálom je izolovaná DNA. Súprava bola validovaná pre DNA z periférnej krvi a bukálneho steru. V jednom sekvenačnom behu možno spracovať až 16 vzoriek vrátane kontrol.

Technológia fastGEN využíva krátke amplikóny a tagované hybridné primery, vďaka ktorým prebiehajú amplifikácia cieľových sekvencií a indexovanie vzoriek súčasne v jedinej PCR. Master Mixy pripravené na použitie už obsahujú potrebné reakčné zložky aj indexy. Laboratórium k nim pridá izolovanú DNA a vykoná amplifikáciu v termocykleri na real-time PCR. Spojenie oboch krokov obmedzuje počet prenosov vzoriek a manuálnych pipetovacích krokov, a tým znižuje riziko pipetovacích chýb.

Po amplifikácii sa jednotlivé knižnice spoja do jedného poolu, ktorý sa purifikuje a kvantifikuje. Príprava knižníc trvá menej ako tri hodiny, pričom aktívna práca zaberie menej ako pol hodiny.

Od knižníc k vyhodnoteným výsledkom

Výsledné knižnice možno sekvenovať na všetkých platformách Illumina. Dáta vo formáte FASTQ následne spracováva modul fastGEN v cloudovom bioinformatickom softvéri GENOVESA.

Automatizovaný postup zahŕňa kontrolu kvality dát, upozornenia na nedostatočne pokryté oblasti, filtrovanie a vizualizáciu variantov aj tvorbu výstupnej správy. Laboratórium tak na vyhodnotenie tohto panelu nemusí vytvárať vlastný bioinformatický postup.

Celý proces od izolovanej DNA až po vyhodnotenie výsledkov možno v závislosti od použitej sekvenačnej platformy a organizácie práce v laboratóriu dokončiť približne za 24 hodín.

V čom sa fastGEN odlišuje?

Pre pracoviská, ktoré skúmajú tento vopred vymedzený súbor markerov, predstavuje fastGEN pripravenú alternatívu k samostatným testom alebo vývoju vlastného cieleného NGS panelu.

Novinka v portfóliu fastGEN

fastGEN Crohn’s & Celiac Disease Kit rozširuje ponuku BioVendor pre gastroenterologický a genetický výskum. Podrobné špecifikácie a návod na použitie sú k dispozícii na produktovej stránke, kde môžete posúdiť vhodnosť súpravy pre svoje pracovisko. Sledujte dve stopy jedným testom.

Len na výskumné použitie.